Структура одређује функцију. Главни механизам антибактеријске и бактериостазе биљних екстраката је његова јака хидрофобност у структури. Биљни екстракти могу одвојити ћелијску мембрану бактерије и фосфолипидну структуру на митохондријама, оштетити ћелијску структуру, повећати пропустљивост ћелијске мембране, што доводи до цурења унутарћелијских јона и садржаја, а затим доводи до смрти бактеријске ћелије. На пример, хлорогенска киселина екстрахована из екстракта орлових ноктију може се комбиновати са ћелијском мембраном Есцхерицхиа цоли, повећавајући пропустљивост ћелијске мембране, а повећао се садржај алкалне фосфатазе у третираној бактеријској течности Есцхерицхиа цоли, и повећала се стопа оштећења ћелија Есцхерицхиа цоли. достигао око 40%.
Биљни екстракти такође могу убити бактерије инхибирањем синтезе бактеријског пептидогликана да оштете морфологију бактерија, попут екстракта корена Цилиндрома. Поред тога, његов антибактеријски механизам такође укључује уништавање или деградацију бактеријског ћелијског зида, уништавање ћелијске плазма мембране и уништавање протеинске структуре ћелијске мембране, али такође може учинити агрегацију бактеријске цитоплазме, кретање протона ћелије ослабљеним и може такође појачавају одбрамбену функцију епитела црева да играју ефекат бактеријске инфекције. На пример, берберин хидрохлорид може учинити да се ћелије α-хемолизина које лучи С. ауреус искриве и деформишу, чинећи ћелијску површину неравномјерном и пропуштајући хранљиве материје и генетски материјал. Велики број експерименталних студија потврдио је да антибактеријско дејство појединачних активних компоненти није толико добро као код екстракта целе биљке, указујући да се ефекти сваке компоненте у екстракту биљке ин виво међусобно промовишу.
Различити биљни екстракти на различите начине регулишу цревну флору. Неки могу директно инхибирати штетне бактерије на различите начине, док неки могу промовирати раст пробиотика и индиректно инхибирати репродукцију штетних бактерија. Неке компоненте биљних екстраката, попут олигосахарида, имају очигледне пробиотичке ефекте, који могу промовисати раст и репродукцију корисних бактерија као што су бифидобактерија и бактерија млечне киселине ин виво и ин витро, и на крају повећати број корисних бактерија, а истовремено смањити број штетних бактерија. На пример, екстракт Иуцца схидигеро може смањити број штетних бактерија као што су Бацтероидес и Еубацтериа, и повећати број Хелицобацтер у цревном тракту бројлера. Екстракт алое вере може смањити смрт узроковану инфекцијом салмонелом и број салмонеле у цревном тракту бројлера. Екстракт портулана може смањити број Есцхерицхиа цоли у цекуму и повећати број лактобацила и бифидобактерија.
